Antibiyotikler; ishal, kusma, baş ağrısı gibi bazı yan etkilere sebep olabilirler. Bu bilinen yan etkilerin yanı sıra, antibiyotik kullanımı hassas bir konudur. İnsan vücudunda yararlı pek çok mikroorganizma türü yaşar ve bu türlerin denge içinde yaşaması sağlığın sürdürülebilmesi için gerekmektedir.
Antibiyotik tedavisinde patojenler hedef alınırken, mevcut yararlı mikroorganizmaların da azalması, yaşadıkları bölgede farklı enfeksiyonların oluşmasına yol açabilmektedir.
Enfeksiyon durumunda, bölgeden zararlı mikroorganizmaların uzaklaştırılması için seçilen antibiyotiğin etki spektrumu çok önemlidir. Geniş spektrumlu antibiyotikler hastalığa neden olan zararlı türlere yönelik etki gösterirken pek çok yaralı bakteri veya mantara da olumsuz etki gösterir. Bu durum, yararlı bakterilerin sayısında azalma meydana getirebildiği için, farklı bir enfeksiyonun başlamasına zemin oluşturur. Dar spektrumlu olan antibiyotiklerin etki ettiği türler daha sınırlıdır. Bu sebeple daha çok mevcut enfeksiyona neden olan canlının uzaklaştırılmasına yönelik bir tedavi sunar. Hastalığa neden olan patojenleri hedef alan uygun antibiyotiklerle farklı enfeksiyonların oluşma riski de indirgenmiş olur.